Во всех шаблонах ставим между <head> и </head> или перед </body> этот скрипт:
Код:
<?if($USER_LOGGED_IN$ and $IS_NEW_PM$)?>
<script type="text/javascript">
if (confirm("У вас новое ЛС, Вы хотите прочитать его?")){window.location = "$PM_URL$";}
</script>
<?endif?>